• Генеральний директор

• Вчений секретар

Заступник генерального директора з наукової роботи

Відділ епідеміологічних досліджень

• Лабораторія епідеміологічних досліджень
• Лабораторія моніторингу здоров’я
• Інформаційно-аналітична група
• Наукова бібліотека

Відділ гігієни праці у сільському господарстві

• Лабораторія токсикології пестицидів
• Лабораторія гігієни праці та екотоксикології

Відділ фізіології праці

• Лабораторія психофізіології праці
• Лабораторія фізіології праці
• Лабораторія ергономіки

Відділ професійної патології

• Клініка професійних захворювань
• Лабораторія профпатології

Відділ промислової токсикології

• Лабораторія промислової токсикології
• Лабораторія хімічних факторів

Відділ фізичних факторів виробничого середовища

• Лабораторія фізичних факторів
• Лабораторія шуму та вібрації

Науково-організаційні підрозділи

• Науково-організаційний відділ
• Центр сертифікації та експертизи
• Редакційно-видавничий відділ